Organstreitigkeiten betreffen Konflikte zwischen den Organen der Gesellschaft -- etwa zwischen Geschäftsführung und Gesellschafterversammlung, zwischen Geschäftsführern untereinander oder mit einem Aufsichtsrat oder Beirat. Typisch sind Streitigkeiten über Kompetenzen, Geschäftsführungsbefugnisse und Weisungsrechte.
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Die Geschäftsführung der GmbH ist an die Weisungen der Gesellschafterversammlung gebunden (§ 37 Abs. 1 GmbHG). Streitigkeiten zwischen mehreren Geschäftsführern über die Geschäftsführungsbefugnis werden durch die Geschäftsordnung oder den Geschäftsverteilungsplan geregelt. Bei Meinungsverschiedenheiten zwischen Geschäftsführern kann die Gesellschafterversammlung angerufen werden. Geschäftsführer dürfen Notmaßnahmen auch allein treffen, wenn Gefahr im Verzug ist; sie tragen dann aber das Risiko, dass ein Rechtsgeschäft oder Maßnahme im Nachhinein nicht als eilbedürftig bestätigt wird und dies dann als Kompetenzüberschreitung gilt.